我是卖白酒的个体户,工商局和酒厂打假办来我店里,说有人举报我们卖的是假酒,就暂扣了我46件酒,

楼上说的不对！
出具鉴定报告并不贵，而且日常生活中也很常见，每年都会有很多类似的案子。包括剑南春、茅台等很多酒厂都有专门的打假人员。至于他说举报人必须是商标持有人，这个也是错的，任何人都可以举报，然后工商局会和商标持有人去核实。还有举报只需要实名举报以及初步的证据，这个一般是很好提供的。
从程序上，工商局可能有的地方做的不够周全，比如不封箱之类的，但是开具的应该是扣留清单之类的文书，上面有具体的数量，所以不封箱其实也没什么，即使封箱了，回去工商局也要打开取样拿去鉴定的。
至于没有让你参与鉴定，这个没什么说的，工商局直接把扣押的样品给厂家就可以让厂家出具鉴定报告了。
还有你说的上家的问题，不管他承认与否，你销售侵犯他人注册商标专用权商品的行为已经发生，根据商标法，你确实应该接受处罚。而且告工商局赢的把握几乎为0，每年这类案子工商局一个分局甚至一个工商所要办不下百件，流程以及相关法律他们熟悉的不能再熟悉，所以想找漏洞胜诉，不太可能。
你这个是非常非常典型的商标侵权案子，基本复议成功率为0，所以我的建议是向你的供货商索取损失赔偿。